Next Generation Sequencing Core Facility

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Ente di Afferenza
CRS4 (Centro di Ricerca, Sviluppo e Studi Superiori in Sardegna) - Parco Scientifico e Tecnologico
Area / Struttura
Non Presente
Sede
CRS4 Edificio 3, Parco Scientifico e Tecnologico della Sardegna
Responsabile Laboratorio
Paolo Uva
Descrizione
Piattaforma di Sequenziamento di Nuova Generazione con una capacità produttiva nel 2016 di 10 TBase/mese, direttamente collegata alle risorse computazionali del CRS4.
Tale sinergia, unica in Italia, consente al CRS4 di eseguire progetti di sequenziamento su larga scala, dalla produzione del dato all'analisi.

La NGS Core facility è stata utilizzata per progetti di ampie dimensioni in vari ambiti, tra cui sequenziamento completo di genomi umani, trascrittomica, metagenomica, identificazione di siti di legame sul DNA di proteine cromatiniche e regolatorie, sequenziamento dell'esoma e di regioni target.

I servizi di Sequenziamento di Nuova Generazione della facility sono certificati dal programma Propel di Illumina
Attività rivolte alle imprese,
enti pubblici, cittadini
Prestazioni a pagamento
Convenzioni con Enti Pubblici
Ricerca commissionata
Partecipazione a progetti nazionali di ricerca in partenariato
Partecipazione a progetti internazionali di ricerca in partenariato
Didattica Universitaria
Formazione
Visite guidate al laboratorio
Eventi di divulgazione scientifica
Attività rivolte ai ricercatori
Partecipazione a progetti nazionali di ricerca in partenariato
Partecipazione a progetti internazionali di ricerca in partenariato
Servizi del Laboratorio
Exome sequencing
Servizio offerto all'esterno: SI. Per ulteriori informazioni e per richiedere un preventivo si prega di contattare ngs-services@crs4.it
Il sequenziamento dell'esoma è un approccio mirato che fornisce un'alternativa economica al sequenziamento dell'intero genoma per l'identificazione delle varianti associate alle malattie, in quanto riguarda solo le regioni del genoma umano codificanti le proteine. Queste regioni ospitano la maggior parte delle varianti note associate alle malattie.

Il servizio di sequenziamento dell'intero genoma umano si basa sulle più recenti piattaforme di sequenziamento high-throughput di Illumina e offre un'elevata qualità e la soluzione conveniente per lo studio di malattie complesse, di disturbi mendeliani rari, la ricerca sul cancro e gli studi di popolazione.

Maggiori informazioni al link http://ngslab.crs4.it/en/services#exome_sequencing
Strumenti utilizzati: Sequenziatori
RNA Sequencing
Servizio offerto all'esterno: SI. Per ulteriori informazioni e per richiedere un preventivo si prega di contattare ngs-services@crs4.it
RNA sequencing (RNA-Seq) è la strategia di Next Generation Sequencing per lo studio del trascrittoma, con una risoluzione maggiore rispetto ad altri metodi, quali ad es. la tecnologia microarray. La tecnologia RNA-Seq basata su letture brevi è ampiamente utilizzata per misurare la quantità di RNA al fine di identificare geni differenzialmente espressi e alterazioni di vie metaboliche.


Avendo già eseguito centinaia di esperimenti di RNA-Seq, abbiamo esperienza sia con protocolli di RNA-Seq standard che a basso input.

Maggiori informazion al link: http://ngslab.crs4.it/en/services#rna_seq
Strumenti utilizzati: Sequenziatori
Whole-genome sequencing
Servizio offerto all'esterno: SI. Per ulteriori informazioni e per richiedere un preventivo si prega di contattare ngs-services@crs4.it
Il sequenziamento completo del genoma fornisce il quadro della variabilità genetica complessiva di un individuo. Può essere applicato, utilizzando diverse profondità di sequenziamento, all'oncologia, allo studio delle malattie rare e agli studi di popolazione a grande scala.

I genomi umani completi sono sequenziati con l'ultima tecnologia HiSeq 3000 di Illumina, che rende il sequenziamento del genoma completo sempre più conveniente. La piattaforma di sequenziamento ha sequenziato con successo migliaia di genomi nell'ambito di due studi sulla genetica delle malattie autoimmuni e della longevità.

Maggiori informazioni al link http://ngslab.crs4.it/en/services#whole_genome_sequencing
Strumenti utilizzati: Sequenziatori
Strumenti del Laboratorio
HiSeq 2000 Sequencing System Illumina HiSeq 2000 Sequencing System
Il sistema di sequenziamento HiSeq 2000 Illumina consente di effettuare studi ampi e complessi, tra cui il sequenziamento del genoma umano di routine (Maximum Output 150-200 Gb). Maggiori dettagli al link http://ngslab.crs4.it/en/technology
HiSeq 2500 Sequencing System Illumina HiSeq 2500 Sequencing System
Il sistema di sequenziamento HiSeq 2500 Illumina consente di effettuare studi ampi e complessi, tra cui il sequenziamento del genoma umano di routine (Maximum Output 350 Gb). Maggiori dettagli al link http://ngslab.crs4.it/en/technology
HiSeq 3000 Sequencing Systems Illumina HiSeq 3000 Sequencing Systems
Il sistema di sequenziamento HiSeq 3000 Illumina consente di effettuare studi ampi e complessi, tra cui il sequenziamento del genoma umano di routine (Maximum Output 750 Gb). Maggiori dettagli al link http://ngslab.crs4.it/en/technology
MiSeq Sequencing System Illumina MiSeq System
Il sistema MiSeq offre la prima soluzione per il sequenziamento end-to-end, integrando generazione del cluster, amplificazione, sequenziamento, e analisi di dati in un unico strumento. Maggiori dettagli al link http://ngslab.crs4.it/en/technology
Modalità di accesso
Per informazioni sulle modalità di accesso ai servizi del laboratorio si prega di utilizzare l'email: ngs-services@crs4.it
Contatta il laboratorio
Dove si trova
Pula, CRS4 Edificio 3, Parco Scientifico e Tecnologico della Sardegna, localita' Piscina Manna sn